Oliy va o‘rta maxsus ta’lim vazirligi va Sog‘liqni saqlash vazirligining 1992 yil 28 may kunidagi 189 va 311-sonli qo‘shma buyruqlari asosida Farg‘ona Davlat universiteti qoshida «Tibbiyot Markazi» sifatida tashkil qilingan bo‘lib, O’zbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasining 1998 yil 3 iyundagi 239-qarori bilan Toshkent Davlat Ikkinchi tibbiyot institutining Farg‘ona filialiga aylantirildi va Vazirlar Mahkamasining 2005 yil 29 iyuldagi 780-sonli qarori bilan Toshkent tibbiyot akademiyasining Farg‘ona filialiga aylantirildi. O’zbekiston Respublikasi Prezidentining 2020 yil 3 dekabrdagi PQ-4911-sonli “Farg‘ona jamoat salomatligi tibbiyot institutini tashkil etish to‘g‘risida”gi qarori bilan Toshkent tibbiyot akademiyasi Farg‘ona filiali negizida Farg‘ona jamoat salomatligi tibbiyot instituti tashkil etildi. Farg‘ona jamoat salomatligi tibbiyot instituti dunyoning 30 dan ortiq oliy ta’lim muassasalari bilan shartnomalar imzlangan va o‘quv, ilmiy va ma’rifiy sohalarda doimiy hamkorlik aloqalarini olib bormoqda. Institut o’z faoliyati davomida 2000dan ortiq malakali shifokorlarni tayyorlab bergan.